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इसके बाद व्यापम घोटाले की जांच का काम सीबीआई को दे दिया गया था। सीबीआई ने इन्वेस्टिगेशन करने के बादभोपाल स्थित विशेष न्यायालय में चार्ज शीट पेश की थी। सीबीआई ने दोनों को अपराधी घोषित किया था। स्पेशल कोर्ट में दोनों को अपना पक्ष रखने का मौका दिया गया। दोनों स्वयं को निर्दोष साबित करने में असफल रहे। न्यायालय में कार्यवाही के दौरान दोनों सरकारी नौकरी प्राप्त करने के लिए कूटरचित दस्तावेज बनाने और अपने स्थान पर किसी अन्य को परीक्षा दिलवाने, मध्य प्रदेश शासन के साथ धोखाधड़ी करने के अपराधी पाए गए। व्यापम घोटाले के मामलों की सुनवाई करने के लिए गठित सीबीआई की स्पेशल कोर्ट के विद्वान न्यायाधीश श्री नीति राज सिंह सिसोदिया ने दोनों कर्मचारियों को अपराधी घोषित करते हुए 7-7 साल जेल की सजाएवं जुर्माना से दंडित किया है।